お役立ちリンク集 2018 | 創薬メモ

創薬メモ

創薬化学、有機化学、有機合成について書き進めていきます。

 

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スペクトルデータ集溶媒のNMR 溶媒の物性データ集

医薬品情報全合成情報 / タンパク質結晶構造
有機化学有機反応有機合成プロセス化学有機反応機構

実験テクニック試薬情報実験器具&実験機器スペクトル解析

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総説&解説文献検索構造式描写ソフト講義動画・講義資料

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(※随時更新)
 

 

【スペクトルデータ集】

SDBS(産業技術総合研究所)

Organic Chemistry Info 

CH-NMR-NP

 

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【溶媒のNMR】

J. Org. Chem. 199762, 7512.
Organometallics 201029, 2176.
Org. Process Res. Dev. 201620, 661.

Green Chem. 2016, 18, 3867. 

 

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【溶媒の物性】

汎用溶剤物性一覧表 / ナカライ

 

Solvent polarity scales: determination of new ET(30) values for 84 organic solvents

J. Phys. Org. Chem. 2014, 27, 512.

 

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【データ集】

 

1. pKa

Bordwell pKa Table (Acidity in DMSO)

Evans pKa Table

R. Williams pKa and pKb Table

Critical Compilation of pKa Values for Pharmaceutical Substances

 

2. Hammett substituent constants

Chem. Rev. 1991, 91, 165.

Hammett則

Hammett Sigma Constants

 

3. A-Value

Conformational Energies (A-Values)

 

4. Charton steric parameter

J. Am. Chem. Soc. 1975, 97, 1552.

J. Org. Chem. 1976, 41, 2217.

Nat. Chem. 2012, 4, 366.

 

5. Bond Dissociation Energies

PROPERTIES OF ATOMS, RADICALS, AND BONDS

Bond Dissociation Energies

 

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【医薬品情報】

IyakuSearch (日本医薬情報センター)

DATA BOOK(製薬協)

財団法人ヒューマンサイエンス振興財団

PatientsMap

 

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【全合成情報】

SynArchive : A total synthesis database

Total Syntheses from A to Z

 

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【タンパク質結晶構造】

 

RCSB PDB

KLIFS

 

Cytochrome P450 のX線結晶構造

 

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【有機化学】

有機化学の書籍

 

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【有機反応】

ODOS 有機反応データベース
Organic Synthesis
Organic Chemistry Portal / Organic Reactions


便利な試薬・反応 / ほろ酔い化学者のブログ
有機反応の書籍

・総説

 

縮合剤 Condensation Reagent

Large-Scale Applications of Amide Coupling Reagents for 
the Synthesis of Pharmaceuticals
Org. Process Res. Dev. 201620, 140.
DOI: 10.1021/op500305s
 

 


Factors Determining the Selection of Organic Reactions by 
Medicinal Chemists and the Use of These Reactions in Arrays 
(Small Focused Libraries)
Angew. Chem., Int. Ed. 201049, 8082. 
DOI: 10.1002/anie.201002238

 

(Fig. 1-a より)
 

 

アルキル化+縮合+Pd触媒によるカップリング反応+保護 ≒ 60%

酸化還元 ≒ 10%


創薬研究で用いられる反応は、以下の10種類で「8割以上」が占められている。

アルキル化、縮合(アミド化、スルホンアミド化)、Pd触媒によるカップリング反応、
保護&脱保護、ハロゲン化、ヘテロ環生成、加水分解、メタル化、酸化、還元。

 

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【有機合成】

有機合成の書籍

Aiming for the Ideal Synthesis
J. Org. Chem. 201075, 4657.
DOI: 10.1021/jo1006812

 

 

Essentials of Heterocyclic Chemistry / Baran

1 / 2 / 3 / 4

 

Chemistry 115 Handouts / Myers

Advanced Organic Chemistry Problems / Brian T. Connell

Review de Debut / 有機合成化学協会

天然物全合成道場 / 菅研究室

 

情報誌 / WAKO

ChemGrowing~Analytical&Organic~ / WAKO

製品カタログ / WAKO

TCIメール / TCI

今週の注目論文・製品 / TCI

Technology Spotlights / Aldrich

Aldrichimica Acta / Aldrich

 

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【プロセス化学】

プロセス化学の書籍

 

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【有機反応機構】

 

反応機構の問題 / 福山研究室
Chemistry by Design
有機反応機構の書籍

 

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【実験テクニック】

研究メモ / 福山研究室
マニュアル / 金井研究室

実験の工夫とコツ / 菅研究室
有機合成テクニック集[ケムステ版]
実験テクニックのまとめ作ろうぜ@化学板
有機合成実験の後処理に関する Tips まとめ

技術情報 / Biotage

⇒ フラッシュ精製技術について
⇒ SNAP「虎の巻」 / SNAP「龍の巻」

 

実験に関する書籍

 

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【試薬情報】

 


有機合成化学 / Synthetic Organic Chemistry (TCI)
有機試薬パンフレット (WAKO)
有機合成用試薬 / 不斉合成用試薬 (関東化学)

 

有機合成の反応剤​

 

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【実験器具&実験機器】

研究用総合機器2017・サンクアスト産業用研究機器2017
Biotage Products

 

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【スペクトル解析】

スペクトル解析の書籍

 

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【創薬化学】

創薬化学の書籍

探索に関する書籍

非臨床試験

 

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【ドラッグデザイン】

ドラッグデザインの書籍
Bioisosteres and Scaffold Hopping in Medicinal Chemistry

Patrick Lam's Electrostatic Potential Maps

 

創薬探索における指標について

Drug-likeness filter に関する論文

Rule of X

タンパク質の側鎖について

SAR展開について (1)

SAR展開について (2) ~Topliss Tree~

薬理活性とギブズエネルギー (1) ~薬理活性の定量化~

薬理活性とギブズエネルギー (2) ~分子間力~

物理化学の書籍

薬理学の書籍

 

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【ADMET】

ADMETの書籍

 

 

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【生物関連】

生化学&生理学に関する書籍

 

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【特許戦略】

特許戦略に関する書籍

 

特許出願ノススメ(改訂版)

特許請求の範囲・明細書の書き方

「医薬系 "特許的" 判例」 ブログ

 

Official Gazette for Patents

 

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【論文執筆】

Whitesides' Group: Writing a Paper

Adv. Mater. 200416, 1375.

 

Curiosity and Science

Angew. Chem. Int. Ed. 2018, 57, 4126.

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【英語】

ALC

 

enago

editage

Exemplar

 

英文執筆ガイド / enago

 

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【スライドデザイン】

 

 

伝わるデザイン
Gareth Rowlands / SlideShare

 

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【総説&解説】

 

・全合成

Total Synthesis Highlight

・QSAR

講義ノート(QSAR) / 京都大学, 赤松美紀

生理活性物質の定量的構造活性相関

─Hansch–Fujita法の基礎─
日本農薬学会誌201338, 2.
DOI: 10.1584/jpestics.W12-41

QSARパラメーターとその応用
日本農薬学会誌201338, 195.
DOI: 10.1584/jpestics.W13-07

・生物学的同位体

Bioisosterism:  A Rational Approach in Drug Design
Chem. Rev. 199696, 3147.
DOI: 10.1021/cr950066q

Synopsis of Some Recent Tactical Application of Bioisosteres in Drug Design
J. Med. Chem. 201154, 2529.
DOI: 10.1021/jm1013693

 

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【文献検索】

Scifinder

⇒ e-ラーニング / 技術資料

Reaxys


PubMed

Google Scholar

J-STAGE

 

創薬化学 & 有機化学の論文誌

 

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【構造式描写ソフト】

 

ChemDraw
MarvinSketch

 

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【講義動画・講義資料】

(Yale university)

Freshman Organic Chemistry Ⅰ with J. Michael McBride (Youtube)
Freshman Organic Chemistry Ⅱ with J. Michael McBride (Youtube)

 

Toward a science of simplicity - George Whitesides

 

Lectures and Handouts / David A. Evans

Dr. Cook’s course web pages

 

YoutubeEDU

Academic Earth​

 

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